Özel filtreler yardımıyla fundustaki lipofusin ve diğer florofor pigmentlerini görüntüleme esasına dayanan bir yöntemdir. Hiperotoflöresans lipofusin densitesinde artışa ve metabolik olarak aktif ancak yapısal olarak bozuk RPE hücre varlığına işaret eder. Optik disk druseni, kalsiyum, sklera gibi yapılar da hiperotoflöresans görüntü verebilir. Hipootoflöresans, dış retina dejenerasyonu ve RPE kaybı sonucu gelişir. Medya opasiteleri ve retina kanamaları da hipootoflöresansa neden olur. Fundus otoflöresans non-invaziv bir yöntemdir. Hastaya herhangi bir yan etkisi yoktur.